Arbre parenthésé -> dot
Description
Conversion d'un arbre parenthésé au format treefile du programme phylip (The Newick format),
en un fichier au format '.dot' pour les programmes 'dot' et 'neato' de graphviz.
(Voir la page de conversion d'un Arbre au format parenthésé Newick).
en un fichier au format '.dot' pour les programmes 'dot' et 'neato' de graphviz.
(Voir la page de conversion d'un Arbre au format parenthésé Newick).
Exemples
- Cliquer sur les boutons
- [Exemple] pour écrire l'arbre parenthésé, tel qu'il est donné dans le fichier 'treefile' du programme 'phylip'.
- [Cherche] permet d'obtenir le graphe au format .dot pour 'dot' ou 'neato'. Recopier celui ci dans un fichier ('phylogeny.dot' par exemple).
- Si l'application 'neato' est installée sur l'ordinateur, effectuer dans une xterm :
neato -Tps -o phylogeny.ps phylogeny.dot
- Voir le fichier 'phylogeny.ps' à l'aide de Ghostview. Essayer aussi d'autres formats
neato -Tpng -o phylogeny.png phylogeny.dot
(a,b,c,(d,e,(f,g),h));
(a1,b:1.5,(c:1,d:2,e:3,(((f:1,g:2)))));
- bouquet.
- Remarque : les feuilles vides seront nommées Ø, "Ø 1", "Ø 2"... pour ne pas êtres confondues par Neato et Dot.
Arbre parenthésé
Arbre
Installation
Vous pouvez récupérer latest.tar.gz ou
latest.zip qui créeront un dossier
Pour installer Graphviz et l'utiliser sous Windows lire ceci.
'n2d-*.*'
au moment de leur décompression.
Pour installer Graphviz et l'utiliser sous Windows lire ceci.
Références, liens
Arbres phylogénétiques
Phylogeny Programs Phylip page, The Newick tree format
Centre de Ressources INFOBIOGEN
Graphviz et les logiciels dot, neato
The CompLearn Toolkit Rudi Cilibrasi
Ghostscript et Ghostview pour MS-Windows pour voir et imprimer les fichiers postscript.
Gv pour voir et imprimer les fichiers postscript sous Unix.
NEWICKTREE newicktree is a LaTeX package that allows the easy drawing of Newick (New Hampshire) format phylogenetic trees, by providing a high level interface to the PSTricks package. On this page you will find links to the newicktree program file, its documentation, installation instructions and contact information. Developer: GEORGE SAVVA.
Phylogeny Programs Phylip page, The Newick tree format
Centre de Ressources INFOBIOGEN
Graphviz et les logiciels dot, neato
The CompLearn Toolkit Rudi Cilibrasi
Ghostscript et Ghostview pour MS-Windows pour voir et imprimer les fichiers postscript.
Gv pour voir et imprimer les fichiers postscript sous Unix.
NEWICKTREE newicktree is a LaTeX package that allows the easy drawing of Newick (New Hampshire) format phylogenetic trees, by providing a high level interface to the PSTricks package. On this page you will find links to the newicktree program file, its documentation, installation instructions and contact information. Developer: GEORGE SAVVA.
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© (Copyright) Jean-Paul Davalan 2002-2014Important : Si votre question a un quelconque rapport avec un travail personnel (Devoir TIPE Master...) , vous devez absolument me le préciser dès votre premier message et m'indiquer très précisément les limites des informations demandées. Vous devez aussi avertir la personne qui dirige éventuellement votre travail ou le corrige de cette communication et lui montrer les documents fournis.
J'essaie de répondre aux questions posées, mais ne lis pas les documents mathématiques amateurs, pas plus que je ne donne mon avis sur les démonstrations des conjectures de Collatz ou autres. Je ne lis pas les documents word, je ne corrige pas les programmes informatiques et depuis des années je n'utilise plus de tableur.