Newick parenthesed tree to Dot input format

Description

Phylogeny Converts the output file 'treefile' of the program 'phylip' (a parenthesed tree in the Newick format), in a '.dot' file readable by the programs 'DOT' and 'NEATO' of Graphviz.
(See also the graph to Newick conversion page)

Examples

  1. [Example] to write the parenthesed tree in the text area.
  2. [Search] to obtain the graph with the dot, recopy it in a file 'phylogeny.dot'.
  3. if neato is installed, type
    neato -Tps -o phylogeny.ps phylogeny.dot
    or neato -Tpng -o phylogeny.png phylogeny.dot
  4. See the file 'phylogeny.ps' using Ghostview or the image 'phylogeny.png' in your browser...
Other examples :
  1. (a,b,c,(d,e,(f,g),h));
  2. (a1,b:1.5,(c:1,d:2,e:3,(((f:1,g:2)))));
  3. Shrimps.
  4. The empty names are not implemented.

Parenthesed tree

Vertices labeled    or no




     

Graph

Installation

Download latest.tar.gz or latest.zip.

Links

Phylogenetic trees   
Phylogeny Programs   Phylip page, The Newick tree format
Centre de Ressources INFOBIOGEN   
Graphviz   et les logiciels dot, neato
The CompLearn Toolkit   Rudi Cilibrasi
Ghostscript   et Ghostview pour MS-Windows pour voir et imprimer les fichiers postscript.
Gv   pour voir et imprimer les fichiers postscript sous Unix.
NEWICKTREE    newicktree is a LaTeX package that allows the easy drawing of Newick (New Hampshire) format phylogenetic trees, by providing a high level interface to the PSTricks package. On this page you will find links to the newicktree program file, its documentation, installation instructions and contact information. Developer: GEORGE SAVVA.
















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J'essaie de répondre aux questions posées, mais ne lis pas les documents mathématiques amateurs, pas plus que je ne donne mon avis sur les démonstrations des conjectures de Collatz ou autres. Je ne lis pas les documents word, je ne corrige pas les programmes informatiques et depuis des années je n'utilise plus de tableur.

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